1530 yılına ait Osmanlı İmparatorluğu dönemi haritasında, Sivas ve Tokat livalarını gösteren bölgede; Balım, Kuduzlar, Keşlik, Kışlacık, Kulağuz, Kabaklı gibi tanıdık köylerin isimleri geçmektedir.
1541 yılına ait Mufassal Defterleri incelendiğinde, Mecitözü’ne bağlı olan yerleşim yerleri olarak Çanşa- Karapınar,Yakalık Kışla gibi yakın köylerinin isimleride geçmektedir.
1874 yılında Mecitözü, Amasya sancağı, Sivas Vilayetine bağlı bir Nahiyeyken İlçe yapıldı. Mecitözü ilçesine bağlı 7 nahiye, 137 köy vardı. Bölgede nahiye olarak Yenikışla’nın ismide geçmektedir.
1902 yılında Çorak Köyü Zamanın İçişleri Bakanı Cemil Cahit Beyin ismini alarak Nahiye yapılıp, Mecitözü Kazasına bağlanmıştır.
1935 yılı nüfus sayımından sonra Ortaköy ve Cemilbey nahiyeleri bazı köylerle birlikte Mecitözünden ayrılarak Çorum merkeze bağlanmıştır.
Gökköyün ilk yerleşim yeri olan Kışla’ya yakın mesafede o dönemde iki tane köy bulanmaktadır. Bunlardan biri Düdüklük, diğeri'de Yenikışla köyüdür. Yenikışla köyünün nüfusu azalınca 1928 yılında Cemilbey nahiyesine bağlanır. Yenikışla köyü 1945 yılında heyelan ve sel felaketi yüzünden kendine bağlı bir mahalle olan Kanlıosman köyünün üst tarafına göçmek zorunda kalır, 1947 yılında Yenikışla köyünün ismi Kanlıosman köyü olarak değişir.
Gökköyü oluşturan konar-göçer ilk aile Fındıklı köyünden gelip Mollahasan ile Düdüklük köyü arasında bulunan Koramaz Çeşmesinin yanına konmuş, fakat Düdüklüklüler Gökköyün ilk yerlileri olan bu ailenin buraya yerleşmesine müsaade etmeyince bu aile buradan göçerek Kışlaya Kızuçuran kayanın eteklerini kendilerine yurt etmişler.
Buraya yerleşen tek bir ailedir. Sonradan dört aile olurlar. Baytiyaroğulları, Köseoğulları, Baloğulları, Karacaoğulları, İmatoğulları.
Kışlaya ilk yerleşen ailelerin çocukları oyun oynarken kız çocuklarından biri çıkmış olduğu kayadan aşağı düşüp ölür, bu olaydan sonra buranın adı Kızuçuran kaya olarak kalmış. Buranın kendilerine uğursuz geldiğini düşünen ailelerden; Karacaoğulları ile İmatoğulları Eskiköye, Baytiyaroğulları, Köseoğulları, Baloğulları'da Karababaya yerleşirler. Karababaya yerleşen Baytiyaroğulları ve Baloğulları aileleri iki yıl burada yaşadıktan sonra Eskiköye göçerler, Köseoğulları ailesi ise Bekaroğluna göçer. Düdüklükteki Cemlere katılmalar ve sosyal ilişkiler kurmalar bu aile aracılığıyla olmuştur.
Eskiköy; Çifteler değirmenine, Çanşa cayına ve Öz ırmağına yakın üç tarafı kayalar ile korunamlı olması nedeni ile kısa zamanda dışarıdan göç alması ile ihtiyaca karşılık veremez hale gelir. Eskiköydeki aileler Karacaoğulları, İmatoğulları, Bahtiyaroğulları, Baloğulları, Ahmet Necatioğulları'dır. Zamanla köy nüfusu çoğalınca köyün içme suyu ve arazisi buraya yerleşen ailelere az gelmeye başlar. Bunun yanında derenin içinin yazın sıcak ve havasının baskın olması ve sivrisineklerin çok olması nedeniyle, buradaki insanlar daha havadar bir yere göçmeye karar verirler.
Köyün çobanlarından Goğ Ali, Gökköy’ün şimdiki kurulduğu yere sürüsünü otlatmaya gittiğinde devamlı olarak tekenin biri sürüden ayrılarak ormanın içinde kayıp oluyormuş. Geri sürünün içine döndüğünde ise, sakalı ıslak olarak geliyormuş. Tekenin bu durumu günün birinde çobanın dikkatini çekmiş ve çoban merakını gidermek için tekeyi yaptığı takip sonunda, suyun kaynağına ulaşır ve kendisi de eğilip bu sudan içer. Suyun tadı da çobanın hoşuna gider. Goğ Ali akşam olup sürü ile köye dönüşte, olanları köy halkına anlatır, ayrıca buranın yerleşime uygun otlak ve su bakımından iyi olduğunu söyler. Çobanın bu konuşması üzerine köyün ileri gelenleri keşif yapmak için çobanın bahsetmiş olduğu yere köyün şimdiki kurulmuş olduğu yere gelip inceleme yaparlar. O zaman burası sık ve büyük çam ağaçları ile kaplı bir ormanlık alanmış ormanı içinde çam ağacı ve gökyüzünden başka bir yer gözükmüyormuş. Yapılın inceleme sonucu köy halkı Eskiköyden, ikinci kez göçmeye karar vermişler. Eskiköyden Gökköye sekiz ailenin göç ettiği tahmin ediliyor. Yeni yerleşim yerinde gökten başka bir şey görülmediği için buranın ismi Gökköy olarak kaldığı söylenmektedir.
1935 yılana kadar idari yapı olarak Gökköy köyü Mecitözü nahiyesine bağlıyken, Çorum Belediyesi Encümen Azası Şuayip Tokay'ın katkıları ile diğer çevre köyler ile birlikte Çorum iline bağlanır.
Gökköyün ilk iskan yerleri Galiğin Pınar çevresidir, zamanla nüfusun artması ile yukarılar iskana açılmıştır. Bugün evleri yukarıda olan çoğu ailenin ataocağı Galiğin Pınar çevresindedir. Mezarlık 1937 yılanda Partoğon Dereye taşınmış, eski yeri GİÖ Okulunun yan ve üst tarafıdır.1992 yılında köyden Tapu ve Kadastro uygulamaları geçtikten sonra eski mezarlığın yeride, devlet tarafından parsel parsel satılarak iskana açılmıştır.
Köydeki sülaleler: Bahtiyaroğlu, Karacaoğlu, Kabacaoğlu, İmatoğlu, Baloğlu, Ahmet Necatioğlu, Dilkioğlu, Ağcaoğlu, Tokuşoğlu, , Deli Ahmetoğlu, Emir Hıdıroğlu, Erkuloğlu, İbiş Kahyaoğlu, Köle Memişoğlu, Memiş Kahyaoğlu, Kara Hüseyinoğlu, Paycıoğlu, Usta Hıdıroğlu, Yağlıoğlu, Buluntuoğlu, Mumcuoğlu.
Yemşihoğlu Şahinkeri sülalesi : 1872 Cemilbey kurulunca bu köye göç etmiş,
Canikli Oğlu ve Kel Mehmetoğlu sülalelerininde köyde yaşamını devam ettiren üyeleri yoktur.
Osmanlı İmparatorluk en kapsamlı ilk nüfus sayımı ise 1826 yılında ve 1905 yılında yapılmıştır. Cumhuriyet ile birlikte 1934 tarihinde sonrada soy ismi kullanılmaya başlanılmıştır. Gökköy Köyü insanlarının Mernis sisteminde 1845 yılına kadar güncel TC kimlik numaraları vardır.